Une des légende raconte qu’après avoir vécu dans son palais Kaliashnath au sommet de l’Himalaya, Shiva y perdit intérêt et voulut déménager dans la forêt opposant la rivière Bagmati. Ayant était ébloui par la beauté et la splendeur du lieu, il se transforma en cerf pour y vivre inaperçu malgré le refus des autres dieu. Vishnu décida alors de le ramener par force en le tirant par ses cornes. Ceux-ci se brisèrent sous la force de son emprise. C’est à cet endroit même qu’un lingam a été construit, mais ce lieu fut bientôt oublié pendant des centaines d’années jusqu’au jour où un berger retrouva sa vache entrain de mettre du lait à cet endroit. En creusant, ils retrouvèrent le lingam et y construisent un temple à l’honneur de Shiva. Par contre, le temple Pashupatinath que l’on connait aujourd’hui a été reconstruit vers la fin du 17e siècle dû à une infestation de termites dans l’ancien.